Masjid ini sebagai tempat ibadah dan pusat keagamaan bagi masyarakat Kesultanan Mananga yang baru dipindahkan oleh Pemerintah Hindia Belanda dari Pulau Solor ke Pulau Timor.
Baca Juga: Kunjungi Balai Pengelola Transportasi Darat di Wilayah XIII NTT, Ombudsman Tekankan Hal Penting Ini!
Yang kemudian tersebarlah dakwah Islamiyah di Pulau Timor melalui tangan putra-putra Mananga.
Pembangunan Masjid Agung Al Baitul Qadim ini berlangsung 6 tahun lamanya yaitu dimulai pada tahun 1806 dan selesai tahun 1812.
Sya’ban bin Sanga merupakan Imam yang pertama bagi kaum Muslimin di Pulau Timor.
Sya’ban datang bersama rombongan Kesultanan Mananga di bawah Pimpinan Sultan Badarrudin yang dipindahkan oleh Pemerintah Hindia Belanda dari negeri asalnya yaitu Desa Menanga, Pulau Solor, NTT.
Sebagai Imam saat itu, Sya’ban memiliki wewenang untuk mengatur segala hal yang menyangkut urusan keagamaan.
Kemudian pembagian ini dikenal oleh masyarakat Airmata dengan sebutan “Kampung Imam” yang bermakna wilayah kebijakkan Imam.